Prequel del celebre manga e trasposizione in fumetto della serie animata, Ghost in the Shell – Arise fa finalmente luce sul passato dei protagonisti della seguitissima saga cyberpunk, raccontando la genesi della mitica Sezione 9! Vedremo quindi una giovanissima Motoko Kusanagi, al servizio del Governo, impegnata a indagare su vari indiziati, sospettati della pianificazione di attentati e grossi crimini. Al suo fianco avrà coloro che diventeranno i suoi futuri e inseparabili compagni…
Bato riesce finalmente a trovarsi da solo con Motoko, e le scaglia addosso tutta la sua rabbia. Ben presto, però, i due si ritroveranno a far fronte comune… Un intero esercito, infatti, li attacca all’improvviso, con il chiaro scopo di eliminarli!