Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni che si fanno chiamare Amanto, i quali, forti della loro superiorità tecnologica e conoscitiva, conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada, che considerano la loro stessa anima. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai...
Elizabeth, l'animale da compagnia di Katsura, è stato catturato da un individuo insospettabile... e per liberarlo Gintoki e compagni dovranno affrontare dei ninja fortissimi, con cui se le daranno di santa ragione! Ma le sorprese non finiscono qui, tra Sadaharu che perde il controllo, un gruppo di uomini che cerca ostinatamente di divertirsi di notte, e lo scoppio di una grande rissa tra Gin-san e Hijikata...!