Tratto dall'omonimo film del maestro Shinkai, Viaggio verso Agartha è il primo capitolo di una storia toccante di amicizia e di crescita. La giovane protagonista, Asuna, passa i pomeriggi ad ascoltare i programmi trasmessi da una vecchia radio a galena appartenuta al suo defunto padre, ma l'incontro con un ragazzino molto particolare la porterà a esplorare nuovi orizzonti...
La routine quotidiana di Asuna è destinata a spezzarsi il giorno in cui si imbatte in Shun. Il ragazzo la salva da una situazione di pericolo e poi scompare. A partire da quel momento, comincia per lei un viaggio avventuroso sulle tracce del suo misterioso amico, che sembra provenire da un luogo leggendario...