Akira è uno studente timido e poco coraggioso che ha un rapporto problematico con la tecnologia. Temendo che i compagni possano allontanarlo per via del suo carattere, decide di compiere il primo passo verso il cambiamento aiutando una ragazza in difficoltà. Tuttavia viene investito da un camion e, ironia della sorte, si risveglia anni dopo sotto forma di EX-ARM 00, un’arma tecnologicamente avanzata dalla coscienza umana e dalle potenzialità sconosciute…
Akira ha sconfitto Elmira, scrivendo la parola “fine” sul caso dell’assalto al cyber-bordello. Per riuscire nell’impresa ha però dovuto hackerare i satelliti GPS del comando di difesa aerospaziale del Nordamerica (NORAD), suscitando così forti pressioni della comunità internazionale sulla Sezione Anti-EX-ARM per questa condotta illecita. I membri della Anti-EX-ARM si tuffano quindi nel cervello di Akira alla ricerca di una possibile soluzione nel suo “passato perduto”, ma si verifica una strana anomalia…