Il giovane Shiki vive sul pianeta Granbell insieme ai robot che animano un vastissimo parco a tema. Un giorno arrivano due visitatori, i primi a mettere piede su Granbell da circa un secolo: Rebecca, una giovane creatrice di contenuti digitali, e il suo gatto blu Happy. I tre vanno subito d’accordo e diventano amici… Ancora non sanno che questo incontro cambierà i loro destini!
Guidata dal Mother-ether, l'Edens Zero è approdata su Foresta. Il pianeta verde, a causa del Re Demone Ziggy, è stato completamente trasformato, tanto che gli esseri umani sono ora dominati dalle macchine! Non avendo altra scelta, Shiki e i suoi amici affrontano queste ultime, mentre il commando Beast di Poseidon Nero dà inizio alla sua missione, che comporta lo sterminio di tutte le macchine del pianeta. Nello stesso momento, anche Elsie e Justice, che le dà la caccia, arrivano su Foresta…