Alita è un manga che narra le avventure di una giovane ragazza cyborg (ossia una ragazza il cui cervello è stato installato all'interno di in un corpo robotico) priva di memoria. La storia viene ambientata nella "città discarica", una gigantesca metropoli sovrastata da Salem, la favolosa città sospesa tra le nubi che scarica sotto di sé i rifiuti. In una di queste discariche un cyber-dottore, Daisuke Ido, ritrova Alita gettata tra i rifiuti; il suo corpo ha subito gravissimi danni strutturali, mentre il suo cervello, sebbene in stato di "stasi", è ancora intatto. Il cyber-dottore decide allora di ripararla e di donarle un nuovo corpo. Da queste premesse si dipana la storia di Alita, tra accenni al passato, digressioni filosofiche sull'umanità e sul valore della stessa, lotte all'ultimo sangue nelle quali Alita fa uso della più potente arte marziale mai concepita dall'uomo, il Panzer Kunst...
