Le Tartarughe Ninja hanno subito lo shock di scoprire che il loro acerrimo nemico Shredder è ancora vivo. Il malvagio ninja ha teso loro un agguato insieme agli uomini del Clan del Piede. Dopo una profonda crisi ricca di incertezze, i quattro affrontano un periodo di recupero spirituale e fisico trascorso lontano dalla città.
Ora però le tartarughe sono pronte alla controffensiva con l’aiuto di quel matto di Casey Jones e di un Triceraton rimasto sulla terra. Il Piede non avrà scampo!  Proprio Casey Jones sta diventando una presenza fissa tra le pagine della serie e nella vita dei giovani mutati. Lo vedremo infatti impegnato in un avventura che metterà alla prova il suo spirito ribelle.