Suzume è nata in un piccolissimo paesino di campagna privo di semafori, bar e supermercati, e lì, quasi isolata dal resto del mondo, ha vissuto per tutti i suoi 15 anni. Finché un giorno, in seguito all'improvviso trasferimento del padre in una filiale in Bangladesh, si ritrova affidata al giovane zio materno, e iscritta in una scuola superiore della modernissima e tentacolare Tokyo! Neanche il tempo di scendere dal treno che Suzume viene presa di mira da un tipo dall'aria strana! Il giovane sembra proporsi gentilmente per aiutarla, ma Suzume diffida, e fugge da lui – per finire col perdersi e svenire in un parco, ubriacata dalla metropoli. Quando si risveglia a casa dello zio, Suzume scopre che è stata soccorsa proprio dal tipo strampalato della stazione, in realtà un cliente abituale del locale dello zio.
Ma la sorpresa più grande l'attende l'indomani, nella nuova scuola, quando Suzume rincontrerà quello strano ragazzo nelle vesti… del professor Shishio, l'insegnante responsabile della sua classe!
Inizia così la nuova vita dell'ingenua Suzume, alle prese con un mondo rutilante, frenetico, affollato e ricolmo di input e di stimoli incessanti.