A causa di un eccessivo incremento demografico della popolazione mondiale, gli esseri umani hanno iniziato a trasferirsi nello spazio. Nel 79° anno di questa era, in una zona invasa da detriti e tormentata da scariche elettriche, infuria la battaglia tra il Principato di Zeon e le forze della Federazione per il controllo del territorio...
È trascorso più di un anno dalla furiosa battaglia avvenuta nel settore Thunderbolt. Io Flemming pilota il nuovo mobile suit Atlas Gundam dell’Esercito Federale, mentre Daryl è ai comandi dello Psycho Zaku dell’Alleanza dei Mari del Sud, la setta religiosa di cui è entrato a far parte dopo aver tradito il Principato di Zeon. La sfida fatale tra i due nemici si svolge nella base del vulcano Taal sulla Terra e termina con la grande vittoria dell’Alleanza dei Mari del Sud, con l’abbattimento dell’incrociatore Spartan e il lancio nello spazio dei trentadue Psycho Zaku prodotti. Daryl si allontana dal grosso delle truppe e nel frattempo Io finisce in uno stato vegetativo per uno shock... ma un altro scontro attende i due eroi!
