Koukaku no Pandora” è ambientato in un’era dove disastri ambientali di grande rilievo accadono costantemente, e dove i cyborg e i robot autonomi stanno per venire immessi nel mercato delle nazioni più sviluppate tecnologicamente. Le più grandi potenze mondiali competono ferocemente nei campi della tecnologia e della ricerca e il divario tra ricchi e poveri aumenta. Non si prospetta alcun futuro per questi ultimi. In questo stadio di transizione, tutti sviluppano un’eccessiva autoindulgenza e il percorso che l’umanità sta prendendo pare incerto. È la storia di due ragazze cyborg che si incontrano in questa era.

Nene e Clarion si stanno godendo la placida vita su Cenacle, un'isola artificiale di vacanze, ma l'isola è in pericolo perché il colonnello Kurtz dell'impero americano sta portando avanti il suo piano per trovare Buer, l'enorme scavatore automatico inattivo situato nella profondità del sottosuolo!