L'improvvisa apparizione di un kaiju scatena un maremoto che devasta la cittadina portuale di Sukuba. L'enorme creatura, però, si dissolve subito in mare, trasformandosi in nutrimento per la fauna locale e portando a pesche miracolose. Per Sukuba inizia così un periodo di ricchezza e il mostro viene venerato come "la divinità della fecondità Gaea-Tima". Anche Miyako Morino, che da bambina ha perso tutto nello tsunami, trova il modo di rifarsi vendendo una statuetta che ritrae la creatura e che diventa una hit tra i turisti. Dieci anni dopo l'evento, però, ecco che nella ormai tranquilla cittadina torna a farsi vedere un kaiju...

Sulle spalle del liceale Tatsukuni pesa come un macigno il destino di successore del padre Riudo alla guida del decaduto gruppo industriale Matsushima. Il suo sogno di studiare oceanologia gli è precluso, non gli è concessa neanche la libertà di coltivare un amore e persino il suo unico supporto affettivo, sua madre Ui, viene a mancare. Tormentato dal senso di vuoto, un giorno il ragazzo conosce l'oceanologo Akira Omigawa. Entrato nelle simpatie del professore, Tatsukuni viene a sapere dell'esistenza dei kaiju nelle profondità del Mar del Giappone. In quella stessa estate, la città di Sukuba, in cui il giovane vive, è devastata da un gigantesco tsunami...