Nel bel mezzo dell’epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai…
Per sfuggire alla fazione che trama per assassinarlo, lo Shogun fugge furtivamente da Edo. Malgrado la sua scorta faccia ricorso a numerose controfigure nel tentativo di depistare i nemici, sarà proprio un ninja che sembrava stare dalla loro parte a puntare la spada contro lo Shogun. Nel frattempo, i membri dell’Agenzia Tuttofare si occupano di gestire la forgiatura di nuove spade durante l’assenza della titolare del negozio, e si assiste a una grande manifestazione sportiva alla quale partecipano anche gli spiriti guardiani…