Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari… Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone!
A chi appartiene il nome scritto due righe sotto a quello di Shinichi Kudo nella lista di persone a cui è stato somministrato l’APTX4869? Questo e altri casi attendono i nostri Detective Boys: quello in un grande magazzino, quello in cui Yumi va in cerca di una particolare cosa, quello dell’UFO di cui si occupa Chiba… Inoltre si giunge alla soluzione del delitto nella girls band in cui il passato di Amuro si unisce a quello di Sera!