Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso! Un giorno, però, viene catturato da dei misteriosi uomini in nero che gli fanno bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari! Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone!
La coppia Conan-Heiji si rivela imbattibile, e i due riusciranno anche questa volta a risolvere il complesso caso in cui si sono trovati coinvolti. Ma non finisce qui per il nostro giovane detective: ad attenderlo c’è subito un altro omicidio apparentemente inspiegabile…